Inštitút pre verejné otázky je financovaný zo zahraničných a domácich súkromných a verejných zdrojov. Významnú časť rozpočtových prostriedkov získava z fondov súkromných nadácií v podobe inštitucionálnych grantov, určených na pokrytie administratívnych nákladov organizácie, a projektových grantov, prostredníctvom ktorých financuje realizáciu konkrétnych výskumných a publikačných aktivít.

K strategickým inštitucionálnym donorom Inštitútu pre verejné otázky patria Open Society Institute (od roku 1997) a Ford Foundation (od roku 2000). V roku 2003 sa k nim pridali i Nadácia Ekopolis a Centrum pre Filantropiu ETP-S, ktoré v rámci programu „Tvoja Zem“ pridelili IVO finančné prostriedky zo zdrojov Trust for Civil Society for Central and Eastern Europe.

K strategickým projektovým donorom IVO patrí German Marshall Fund of the United States podporujúci projekty súvisiace s problematikou transatlantickej spolupráce.

K významným projektovým donorom IVO patrí japonská nadácia Sasakawa Peace Foundation, ktorá v rokoch 2001–2003 podporila projekt Súhrnná správa o stave spoločnosti, a National Endowment for Democracy, ktorý podporil rovnomenný projekt v roku 2000 a v roku 2003. K významným donorom patrí i konzorcium Nadácie Jána Husa, Nadácie otvorenej spoločnosti na Slovensku a Nadácie pre deti Slovenska, ktoré podporilo projekt výskumu občianskej spoločnosti na Slovensku. Medzi tradičných projektových darcov IVO možno zaradiť Visegrádsky fond, udeľujúci granty v oblasti visegrádskej spolupráce a Freedom House a Medzinárodný republikánsky inštitút. Od založenia IVO v roku 1997 k jeho donorom patrili veľvyslanectvá Švédska, USA, Veľkej Británie, Holandska a Nórska, Nadácia na podporu občianskych aktivít, Ch. S. Mott Foundation, UNDP, Svetová banka a Bertelsmann Foundation.

V roku 2003 sa jedným z prvých firemných donorov IVO stala Slovenská sporiteľňa, a.s., ku ktorej sa v roku 2004 pripojili aj spoločnosti Hewlett Packard Slovakia, s.r.o., Philip Morris Slovakia s.r.o., U. S. Steel Košice, s.r.o. a Západoslovenská energetika, a.s.

Ďalšie prostriedky na svoju činnosť získava IVO v rámci projektov, podporených štátnymi a verejno-právnymi (akademickými) inštitúciami doma a v zahraničí, ako aj z predaja vlastných produktov.